A pesar de que se trata de un alimento que está presente en la dieta de gran parte de la población mundial, la ingestión de pan implica algunos riesgos a la salud.
En primera instancia, y debido a que la gran mayoría de los panes contienen gluten, el consumo de este alimento es en sí mismo un riesgo, ya que puede provocar celiaquía, una reacción autoinmune producida por el gluten. Este mal provoca diversas alteraciones en el organismo, mismas que no tienen un patrón determinado y resultan difíciles de analizar y tratar. El pan también puede ser nocivo para personas con alergia a la amilasa y para las personas hipoglucémicas.
Uno de los elementos del pan que es duramente señalado por científicos e instancias de salud, lo constituyen las harinas blancas refinadas, debido a que en el proceso de refinamiento pierden muchas de sus propiedades y componentes minerales y de fibra dietética.
En cuanto al pan industrializado, éste utiliza aditivos químicos conocidos como mejoradores de pan, algunos de los cuales pueden resultar nocivos para el cuerpo humano, tales como almidones, conservadores y antioxidantes (especialmente el hidroxibutilanisol y el hidroxibutilolueno). También ha sido muy controversial la utilización de bromato de potasio en el pan industrial, ya que permite que la masa adquiera más fuerza y volumen. Sin embargo, si la cantidad de esta sustancia rebasa los límites permitidos, puede resultar dañina (los bromatos son considerados carcinógenos de categoría 2B, es decir, es posible que generen cáncer en humanos), por lo que en Reino Unido y otros países europeos está prohibido utilizar bromato de potasio con fines alimenticios.