El Lago de Texcoco está en proceso de desaparición desde la época prehispánica, cuando los asentamientos indígenas construyeron el sistema de islas artificiales conocidos como chinampas, utilizadas para fines de vivienda y agricultura. Este proceso comenzó con la llegada de los chichimecas al lago.
En la zona que hoy es la Ciudad de México, los mexicas construyeron, además de las chinampas, un sistema de diques para evitar las inundaciones, bajando el nivel del agua. Este proceso fue desarrollado más tarde por los conquistadores españoles, dado el interés que tenían de instalar la capital de su gobierno en el antiguo México-Tenochtitlan. Las aguas que quedaban en la ya denominada Ciudad de México, capital de la Nueva España, se contaminaron por los malos hábitos de muchos conquistadores, que las contaminaron con desechos. El fraile franciscano Antonio de Ciudad Real describió a mediados del siglo XVI, con motivo de su visita a la Ciudad de México: “aguas de malo y pestilencial olor, que no hace poco daño a la ciudad, especialmente cuando en verano se seca algo de ella”.
Sin embargo, las inundaciones fueron un problema que llegó a volver necesario desecar lo que quedaba del lago. En 1662, tuvo lugar la peor de ellas, en la que murieron más de 30, 000 personas. Tras esto, el gobierno novohispano realizó una monumental obra de drenaje que llevaba años en el tintero, lo cual llevó a que el lago prácticamente desapareciera, junto al resto del sistema lacustre de la zona. Porfirio Díaz terminó esa tarea creando el llamado Gran Canal del Desagüe, y muchos años después, en 1975, se comenzó el proyecto del Drenaje Profundo de la Ciudad de México, que definitivamente impediría el retorno del sistema lacustre.
Por otro lado, las aguas de Texcoco contienen sal, por lo que eran explotadas para la obtención de este mineral por medio de la evaporación. En resumen, este sistema de lagos desapareció debido al ser humano.
